与电子邮件和电话交谈相比，即时消息提供的所有生产率优势中，企业和小型企业的业务和IT经理通常都有重要的关注。主管们担心由于个人使用IM而造成的生产力损失；由于各种IM系统之间缺乏互操作性和通信标准，IT管理人员担心可用性问题。这两个组织都担心命名惯例缺乏结构，尤其是那些雇员使用公共网络的命名惯例。但在所有人关注的IM列表中，首先是该技术缺乏与电子邮件系统和用户可用的安全特性相似的安全特性。
许多企业认为，如果他们使用企业网络而不是公共网络，他们会更安全，但这些系统提供的用户或系统保护几乎与公共网络一样少。嵌入或添加到电子邮件系统中的安全系统保护公司及其用户免受垃圾邮件、病毒、木马、间谍软件和钓鱼攻击。它们还提供受监管公司所需的合规工具，可用于监控企业政策，保护知识产权和其他保密信息。但是，对于公共可用的或企业IM系统，没有这样的特性。
某些从其他技术中过于常见的问题也已经进入了即时消息传递。例如，用户和管理人员经常认为他们通过使用IM来逃避电子邮件的垃圾邮件、病毒、钓鱼和遵从性问题。但他们经常很快发现一个叫做“spim”的新问题，这个问题或多或少地代表着“IM的垃圾邮件”。它并不像未经请求的商业电子邮件那样无所不在，但这是因为IM的另一个缺点，即缺乏联邦消息传递和标准协议。
尽管IM federation将整合所有即时通讯系统，并允许它们之间的信息透明交换，就像简单的邮件传输协议集成了电子邮件一样，它也将吸引更多的垃圾邮件发送者，并将他们转化为spimmers，而spimmers又会吸引大量的病毒编写同事。病毒、特洛伊木马、间谍软件和网络钓鱼攻击可以而且已经通过各种IM网络传播。安全供应商Akonix Systems Inc.估计，平均每天都会有一次系统性IM攻击。
为了响应用户的请求，公共和企业网络都允许传输二进制文件，目的是允许图像、视频、电子表格和类似的传输方式。不幸的是，这意味着即时消息系统现在也有能力发送邪恶的代码。当然，网络钓鱼只不过是一场“寻衅滋事”的游戏——企业员工没有什么能让他们不那么容易受到攻击。
